1、完善举证责任制度。电子商务交易过程中，大量的电子数据是由第三方提供的，交易当事人往往不能提供有效的电子证据，因此，传统的“谁主张，谁举证”的举证责任分配原则面临新的挑战。可行的思路是，要具体确定举证方式及其权利义务，基于银行往往了解交易的准确价格，有必要明确银行的举证义务和提供交易企业的网上交易银行帐号以免征税失去凭据。

　　2、建立电子报税机制。相对传统的缴税方式，电子商务征税中的电子报税有助于提高申报的效率和降低税务行政的成本。需要考虑的是，当前我国电子报税尚处起步阶段，涉及一系列诸如纳税人、税务行政部门、银行、国库等相关主体在数据格式、传输频率、安全机制等方面的有形衔接和部门间数据交换机制的协调等复杂问题，需要早日纳入立法的规范之中以有序利导。

　　3、采取避免电子商务双重征税的措施。与电子商务交易过程的不可追溯性和税务稽查等难题给电子商务税收征收设置的卡口一样，这些复杂问题反过来也容易导致对电子商务的双重征税问题，需要立法慎重对待。基于电子商务交易中纳税人的身份确认、主营业务地点、具体交易细节等环节都不易被有效确认之特点，立法上有必要重视依照电子商务中商流或信息流征税与根据物流征税的有效衔接问题，同时结合其他有形证据以期尽量避免对电子商务双重征税的立法失误。